На основе минералогических коллекций, под руководством сотрудников кафедры минералогии и геохимии и заведующей музеем, студентами выполняются курсовые работы, бакалаврские, магистерские диссертации.  Коллекции музея используются также при подготовке кандидатских и докторских диссертаций.
На базе музея организуются и проводятся конференции по геммологии и минералогии, в которых участвуют специалисты России и стран ближнего зарубежья.
К минералогическим коллекциям музея обращаются не только студенты и сотрудники геолого-географического факультета, но и других факультетов университета, а также других вузов города.

Основные публикации:

Свешникова В.Л., Зенина К.С. Редкие минералы в экспозиции минералогического музея Томского государственного университета //Сборник статей. Геммология /ред.: Коноваленко С.И., Пешков А.А., Зырянова Л.А. Томск: Издательство "Томский ЦНТИ", 2015. С. 144-147.

Свешникова В.Л., Зенина К.С. Ювелирные камни в экспозиции минералогического музея Томского государственного университета //Месторождения камнесамоцветного и нерудного сырья различных геодинамических обстановок (XVI Чтения памяти академика А.Н. Заварицкого). Екатеринбург: Институт геологии и геохимии УрО РАН, 2015. С. 211-214.

Свешникова В.Л. Исторический очерк кафедры минералогии и геохимии //Сборник статей. Геммология /ред.: Коноваленко С.И., Пешков А.А., Зырянова Л.А. Томск: Издательство "Томский ЦНТИ", 2015. С. 133-143.

Зенина К.С., Свешникова В.Л. Коллекция рубина Минералогического музея имени И.К. Баженова //Геммология: Сборник статей /ред.: Зырянова Л.А., Коноваленко С.И., Баева А.А. Томск: Издательство ЦНТИ - филиал ФГБУ "РЭА" Минэнерго России, 2013. С. 51-56.

Свешникова В.Л., Зенина К.С. Типоморфные особенности минералов бора Дальнегорского боросиликатного месторождения (Приморье) //Геммология: Сборник статей /ред.: Баева А.А., Коноваленко С.И., Зырянова Л.А. Томск: Издательство ЦНТИ - филиал ФГБУ "РЭА" Минэнерго России, 2013. С. 130-136.

Коноваленко С.И., Свешникова В.Л., Зырянова Л.А. Коллекционный рай Дальнегорской группы месторождений (Приморье) //Геммология .- Томск: Томский ЦНТИ, 2011. С. 46-53

  Зенина К.С. Удивительное совпадение живой и неживой природы //Сборник статей. Геммология /ред.: Коноваленко С.И., Пешков А.А., Зырянова Л.А. Томск: Издательство "Томский ЦНТИ", 2015. С. 55-58.

Свешникова В.Л., Мысякина Н.Н., Зенина К.С. Минералогический музей : учебное наглядное пособие. Томск: Издательский Дом ТГУ, 2015. 128 с.